ATAC-Seq入門加高階傳送門

生信技能樹2019-06-21 10:05:58

還記得生信技能樹的傳送門系列嗎?轉錄組、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、編程實戰、還有已經在更新中的Hi-C……

傳送門系列

  • lncRNA數據分析傳送門

  • 生信技能樹轉錄組板塊學習小組招募啟事

  • 450K甲基化芯片數據處理傳送門

  • ChIP-seq基礎入門傳送門

  • 轉錄組入門傳送門

幾乎大家關心的數據分析都可以在大樹裡找到入門和進階教程。最近看到小夥伴們很希望看到完整的ATAC-Seq分析教程,甚至在某群裡呼籲眾籌。

雖然說所有的NGS數據分析都有類似的道理,ATAC-Seq和ChIP-Seq更是具有相似的分析方法,但是小夥伴們在實戰中可能仍然有困惑:

  • ATAC-Seq與ChIP-Seq的異同在哪裡?

  • 用和ChIP-Seq一樣的參數Call peaks正確嗎?

  • 得到peaks後怎麼進行質量評估?

  • 樣本內的重複怎麼處理?

  • 樣本間的差異怎麼分析?

  • 怎麼對peaks進行功能註釋分析?

  • 如何找motif?

  • ATAC-Seq和ChIP-Seq和RNA-Seq的整合分析怎麼做?

以上一些困惑也是我在學習ATAC-Seq分析時遇到的問題,期間自己查資料、參加相關講座和培訓,這些困惑逐漸被揭開,就開始整理這些資料,資料整理的時候發現了一處寶藏——Harvard Chan Bioinformatics Core (HBC)的深度NGS數據分析課程,該課程的第5部分是關於ChIP-Seq,仔細看了一下內容,非常贊,整體思路和絕大部分分析方法都適合ATAC-seq。

而這個課程生信技能樹裡是推薦過的 徹底入門生物信息學,可能需要12天!

不知道有多少人看過這個課程?當時有很多人反映打不開相關鏈接,可能也有一部分人覺得英文看著不方便或是一個人學著沒勁頭。


這裡就再次推薦這個課程,並以該課程的翻譯為主,同時加上ATAC-Seq分析與ChIP-Seq的異同以及ATAC-Seq分析的一些心得,與大家一起學習並打造ATAC-Seq的入門和高階傳送門。

ATAC-Seq/ChIP-Seq整個分析的流程圖:

接下來要更新的內容:

  • 第1篇:ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同

  • 第2篇:原始數據的質控、比對和過濾

  • 第3篇:用MACS2軟件call peaks

  • 第4篇:對ATAC-Seq/ChIP-seq的質量評估(一)——phantompeakqualtools

  • 第5篇:對ATAC-Seq/ChIP-seq的質量評估(二)——ChIPQC

  • 第6篇:重複樣本的處理——IDR

  • 第7篇:用Y叔的ChIPseeker做功能註釋

  • 第8篇:用網頁版工具進行motif分析

  • 第9篇:差異peaks分析——DiffBind

  • 第10篇:ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析

  • 額外篇:文獻推薦和解讀

參考資料:

HBC深度NGS數據分析課程:
https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course
第五部分ChIP-Seq課程:
https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/tree/master/sessionV/lessons

總共才 不到200篇文章

重點來了

我們生信技能樹開始組建ATAC-Seq數據處理交流群哦,在這裡你可以推薦一下好的文章例子,來號召大家一起學習,也可以拿到其他人推薦的好的資料,一起進步。


注意事項

看仔細,看清楚哦

1. 不是基礎資料群,是合作提高群。

2. 提到的18.8元只是加入群聊的門票,不承諾任何

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